Na trama, o soldado James Heller retorna do Iraque e encontra sua cidade e família dizimados pelo vírus Blacklight. Na tentativa de se suicidar e matar pelo menos alguns mutantes no processo, ele é socorrido por Alex Mercer, protagonista do primeiro game, e acaba ganhando os mesmos poderes do personagem. Em vez de agradecer a seu salvador, Heller o culpa pela infecção da cidade e parte em seu encalço.
Desta vez, o mundo aberto do game será revelado aos poucos e exigirá um pouco mais de exploração por parte dos jogadores. A sequência de Prototype também não conta com um modo multiplayer, e concentra a atenção dos jogadores apenas no modo single player.
